crRNA Design - Cas12a(Cpf1)

crRNA length without PAM

设置 crRNA 长度（不含 PAM），影响候选扫描窗口和位点数量。

5'-PAM

指定 PAM 模式；当选择 Non-standard 时，可输入自定义 PAM。

Efficiency score

设置效率评分模型，用于对候选进行活性相关排序。

Check for self-complementarity

是否启用自互补检查；开启后会过滤结构风险较高的候选。

Check for complementarity versus backbone

是否检查与 backbone 的互补风险。

Standard backbone

使用标准 backbone 模板进行互补性评估。

Extended backbone

使用扩展 backbone 模板进行更严格评估。

Input Sequence

输入待设计的目标序列（支持 FASTA 文本）。若文本输入与上传文件同时存在，系统优先使用文本输入。

Target specific region of gene

指定搜索区域（如 CODING / WHOLE / PROMOTER / ONLY TARGET EXON(S) 等），决定候选 crRNA 的扫描范围。

Upstream / Downstream（Promoter 模式）

当目标区域为 Promoter 时，分别定义 TSS 上游与下游的搜索范围。

Exon（Only target exon(s)）

当仅筛选特定外显子时使用，用于限制候选位点落在指定 exon。

Restrict targeting

限制候选搜索边界或范围，用于控制搜索区域大小与结果数量。

Isoform consensus determined by

设置 isoform 共识策略（如交集/并集思路），影响多转录本的候选保留方式。

Pre-filtering

候选初筛参数集合，用于在早期快速淘汰低质量位点。

GC content range (Minimum / Maximum)

限定候选 GC 含量区间；过低可能影响结合稳定性，过高可能增加结构风险。

Self-complementarity maximum

限制自互补上限，减少潜在发卡结构或自配对风险。

Color scoring ignore one off-target without mismatches

用于结果展示评分策略的控制项，影响可视化评分呈现。

Design primers

是否在 crRNA 候选基础上同时设计引物。开启后计算更完整，但耗时通常增加。

Product size (From / To)

限制扩增产物长度范围，用于控制实验可操作性与检测稳定性。

Primer size (From / To / Optimal)

设置引物长度范围与最优值，用于平衡特异性与扩增效率。

Primer Tm (From / To / Optimal)

设置引物熔解温度区间与最优值，用于提升扩增条件匹配度。